Klachten in de wervelkolom of ledematen ontstaan wanneer gewrichten niet goed werken. We spreken dan van "functiestoornissen" en manuele therapie kan de daarbij optredende pijn verhelpen. De oorzaak van klachten in het bewegingsapparaat ontstaan vaak door overbelasting van het gewricht. Bewegen wordt moeilijk en pijnlijk, spieren verkrampen en de pijn straalt soms uit naar andere delen van het lichaam.

Manuele therapie werkt bij:
- hoofd- en nekpijn
- nek- en schouderklachten
- rugklachten (zowel hoge als lage)
- bepaalde vormen van duizeligheid
- kaakklachten

De manueel therapeut verhelpt de functiestoornis van het gewricht door toepassing van specifieke bewegingen. Door de lichaamsdelen rond het gewricht op een bepaalde manier te stimuleren wordt de functie van het gewricht positief beïnvloed. De pijn neemt af en de beweeglijkheid neemt toe. Soms maakt de manueel therapeut bij zijn behandeling gebruik van gedoseerde impulstechnieken, waarbij de gewrichten met hoge snelheid worden bewogen. Meestal is zacht trekken aan of duwen tegen voldoende. Daarbij hoort men soms een knappend of krakend geluid, dat over het algemeen niet als pijnlijk, maar wel als kortstondig vreemd wordt ervaren.